• Глава G@C. Генетический код — явление "героя" (X)
  • Глава 11. Механика генетического кодирования (XI)
  • Глава 496. Почему кодируемых аминокислот двадцать? (XII)
  • Часть вторая — Машина генетического кодирования

    Глава G@C. Генетический код — явление "героя" (X)

    События, связанные с эволюцией Вселенной и коротко описанные выше, привели, в конечном счете (а может быть, и «в том числе») к возникновению жизни, центральным феноменом которой стало объединение мира нуклеиновых кислот и мира белков в единую автокаталитическую суперсистему, для чего потребовался и был доведен до необходимого состояния так называемый генетический код — связующее звено обоих миров. Генетический код — это набор инструкций для перевода нуклеотидной последовательности в полипептидную. Таким образом, сегодняшний код составляют два компонента. Первый кодирующийкомпонент — это четыреазотистых основания (или нуклеотида, когда они фосфорилированы и составляют цепи РНК или ДНК).

    Общее обозначение азотистых оснований приведено в таблице:

    В приведенной табличке упорядоченность по нарастанию молекулярной массы относится к аминокислотам в составе упорядоченных по номерам групп вырожденности (римские цифры), сгруппированным в два октета (арабские цифры). При этом позиция цистеина С скорректирована, о чем речь будет идти в следующей главе; там же мы расскажем и об октетах.

    Возвращаясь к выбору именно двадцати аминокислот для кодирования, стоит отметить еще одно интересное обстоятельство: этот выбор мог определяться также квантовой теорией информации, которая предлагает оптимальный алгоритм (алгоритм Гровера) упаковки и чтения информационного содержания ДНК (АпурваПатель, 2001). Такой алгоритм определяет число объектов N, различаемое числом ответов да/нет на вопросы Q, следующим образом:

    (2Q + 1) sin-1 (1 / vN ) = ? /2.

    Решения этого уравнения для малых значений Q весьма характерны:

    Q = 1lnN = 4.0

    Q = 2 lnN = 10.5

    Q = 3lnN = 20.2.

    Теоретически эти значения не обязательно должны быть целыми числами. Любопытно, что в первом приближении они соответствуют последовательности тетраэдрических чисел, а также эволюции функционального размера кодона от синглетного к триплетному. Другими словами, тетраэдр также можно построить из десяти и из четырех мономеров; эти числа и отмечены в решениях приведенного уравнения. Позднее мы покажем, что комбинация размерных параметров аминокислот и нуклеотидов, базирующаяся на предложенных нами правилах, приводит к пространственному равновесию тетраэдра из двадцати мономеров, соответствующих этим аминокислотам. Здесь же стоит, пожалуй, вспомнить актуальные до сих пор слова Вёзе (1973): “Представляется почти жестокой шуткой, что Природа выбрала такое число [кодируемых] аминокислот, какое легко получается в результате множества математических операций”. Но, так или иначе, двадцати альфа-аминокислот (из сотен, встречающихся в природе) оказалось довольно для обеспечения необходимого разнообразия белков.

    .....................

    Число 496, которым обозначена эта глава, интересно тем, что оно относится к классу так называемых совершенных чисел, и это единственное трехзначное совершенное число. Совершенным называют натуральное число, равное сумме всех своих собственных делителей (т. е. всех положительных делителей, отличных от самого? числа). Сумма всех делителей числа 496, то есть, 1+2+4+8+16+31+62+124+248, равна ему самому. Мы вспомнили о совершенных числах и отмечаем уникальность именно этого числа, потому что оно, во-первых, трехзначно — как трехзначны кодирующие элементы, о которых мы говорим, а во-вторых, как и все предыдущие упомянутые здесь числа, оно — случайно или нет — характеризует один из формальных параметров генетического кода, о которых мы будем говорить дальше. Терпение читателя небезгранично, и Автор вспоминает в связи с этим выдержку из письма одного из читателей известному популяризатору математики Мартину Гарднеру: Перестаньте отыскивать интересные числа! Оставьте для интереса хотя бы одно неинтересное число! Но соблазн велик, и трудно удержаться.